История футбольного клуба «Нарва-Транс» берёт своё начало в 1979 году, когда нынешний президент и бывший главный тренер клуба Николай Бурдаков сам был игроком команды. Первым названием клуба было «Автомобилист», так как команда была создана на базе авто-транспортного предприятия «Автобаза 13».

В 1984 году клуб смог пробиться в первый дивизион чемпионата Эстонской ССР, но в конце сезона вынужден был покинуть его. Позднее в 1987 и 1989 годах команда вновь получает право играть в высшем дивизионе, однако окончательно закрепиться там смог уже несколько позднее.  После успехов в сезоне 1991 года клуб смог подняться в высшую лигу чемпионата Эстонии и в 1992 году дебютировал в Лиге Мастеров Эстонии. За это время изменилось и название команды, в 1989 году команда носила имя «Автобаза», название клуба просуществовало до 1992 года, и только затем получила нынешнее название  — футбольный клуб «Нарва Транс» (JK Narva Trans).

Начиная с 1992 года,  в клубе шла большая работа по его  развитию. Большое внимание было уделено развитию детского футбола и вскоре в клубе занималось уже более ста детей под руководством тренеров, которые также в недавнем прошлом были игроками главной команды клуба. А начиная с 2015 года, клуб открывает футбольную школу под тем же именем с целью организации более качественного тренировочного процесса.

Главная команда клуба за эти годы плотно закрепилась в верхней части турнирной таблицы. Лучшим достижением было второе место и серебряные медали Чемпионата Эстонии в 2006 году, в сезонах 1995, 2005, 2008, 2009 и 2010 годов команда становилась бронзовым призером Чемпионата.

В 2001 году клуб стал обладателем Кубка Эстонии, в 2007 и 2008 завоевал Суперкубок Эстонии. В 2019 году игроки клуба повторно подняли над головой Кубок Эстонии, обыграв в финале «Нымме Калью».

За эти годы команда тренировалась под руководством таких опытных тренеров:

• Сергей Замогильный (январь 2003 – декабрь 2003),
• Валерий Бондаренко (3 сентября 2004 – 13 апреля 2008, 1 декабря 2009 – 29 октября 2010, 8 апреля 2013 – 14 июня 2014)
• Сергей Ратников (1 января 2009 – 30 ноября 2009),
• Юрий Свирков (3 февраля 2011 – 18 июня 2011),
• Алексей Ягудин (18 июня 2011 – 9 января 2012, 1 июля 2012 – 7 апреля 2013, 14 июня 2014 – 20 мая 2015)
• Сергей Приходько (10 января 2012 – 30 июня 2012)
• и.о Николай Тощев (20 мая 2015 – 5 июля 2015)
• Адьям Кузяев (6 июля 2015 – 15 августа 2018)
• Дженк Озджан (17 августа 2018 — декабрь 2018)
• Дмитрий Калашников (4 января 2019 — 29 апреля 2019)
• и.о. Валерий Бондаренко (29 апреля 2019 — 1 июня 2019)
• Андрей Сёмин (1 июня 2019 — 22 августа 2019)
• и.о. Олег Курочкин (23 августа 2019 — ноябрь 2019)
• Дженк Озджан (январь 2020 — июнь 2020)
• и.о. Олег Курочкин (июнь 2020 — декабрь 2020)
• Игорь Пывин (январь 2021 — ноябрь 2021)
• и.о. Валерий Бондаренко (30 ноября 2021 — 13 декабря 2021)
• Алексей Ерёменко (декабрь 2022 — ноябрь 2023)
• Сергей Терехов (январь 2023 — август 2023)
• и.о. Валерий Бондаренко (8 августа 2021 — 20 августа)
• Алексей Ерёменко (20 августа 2023 — 24 апреля 2024)
• и.о. Валерий Бондаренко (24 апреля 2024 — 6 июня)
• Мигель Морейра (6 июня 2024 — настоящее время)

Среди игроков, сделавших яркую карьеру профессионального игрока были:

Валерий Карпин, нарвитянин, который сделал свои первые шаги в карьере также и в клубе «Нарва-Транс»,

Воспитанник нарвского футбола, нападающий Максим Грузнов, который забил за клуб 37 мячей в сезоне 2001, а также Грузнов является лучшим бомбардиром Чемпионата Эстонии на чьем счету 304 забитых голов.

В сезоне 2011 года за команду клуба выступал Александр Чекулаев, который установил рекорд по забитым голам в течение одного сезона — 46 в 35 матчах.

Многолетний капитан команды Станислав Китто, на чьем счету 515 матчей в высшей лиге Эстонии. Это является вторым показателем по количеству сыгранных матчей в Чемпионате. Этот рекорд был побит в сезоне 2017.