Футбольный клуб «Нарва Транс» был основан в 1979 году на базе авто-транспортного предприятия — Автобаза №13. В период с 1979-1989 имел название «Автомобилист», затем с 1989-1991 ФК «Автобаза». И только 30 июля 1991 был зарегистрирован как футбольный клуб «Нарва Транс».

На сегодняшний день это единственный клуб, представляющий город Нарва и уезд Ида-Вирумаа, команда которого играет в Премиум Лиге Чемпионата Эстонии. Наряду с таллинской «Флорой», является командой, которая провела все сезоны в Чемпионате Эстонии с момента ее основания.

По рейтингу УЕФА «Нарва Транс» занимает 410 место.

Футбольный клуб «Нарва Транс» является обладателем 4 трофеев: Кубка Эстонии (2001, 2019) и Суперкубка (2007, 2008). «Нарва Транс» также становился серебряным призёром Чемпионата Эстонии (2006), бронзовым призёром Чемпионата Эстонии (1994/95, 2005, 2008, 2009, 2010, 2011), финалистом Кубка Эстонии (1993/94, 2006/07, 2010/11, 2011/12) и финалистом Суперкубка Эстонии (2001, 2012).

Генеральный спонсор клуба – спортивный магазин «Спортланд».